Barcelona cuenta con el supercomputador MareNostrum 5, situado dentro de una urna de cristal en el interior de una capilla neorrománica de principios del siglo XX en Torre Girona. Una ubicación curiosa, pero realmente bonita. Para que vean de lo que les hablo:
Actualmente, MareNostrum 5 se encuentra en el top-10 de los supercomputadores más rápidos del mundo.
Biomedicina
El Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación (BSC–CNS) es el organismo responsable del supercomputador. Se trata de una entidad de derecho público, creada en el año 2005, integrada por la Administración General del Estado, la Administración de la Generalitat de Catalunya y la Universitat Politècnica de Catalunya–Barcelona Tech. Tiene como objetivos investigar, gestionar y transferir tecnología y conocimiento en el área de la computación de altas prestaciones, con el fin de facilitar el progreso en diversos ámbitos científicos.
El supercomputador MareNostrum 5 se emplea en campos tan diversos como química y matemáticas, física y astronomía e ingeniería, si bien la biomedicina ocupa un lugar destacado.
Actualmente, el Centro Nacional de Supercomputación está formado por un equipo multidisciplinar de más de 135 personas entre ingenieros, informáticos, biólogos y científicos que abordan temas como la genómica, biología de redes, medicina personalizada y desarrollo de fármacos, entre otros.
En el programa de biología computacional del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) en colaboración con BSC–CNS trabajan varios grupos dedicados al estudio de la secuenciación genómica, metagenomas y explotación de bases de datos, a la reconstrucción de sistemas moleculares de células cancerosas y desbalances génicos en Alzheimer, a la predicción de complejos de proteínas, a los ácidos nucleidos de flexibilidad de proteínas y diseño de nuevos fármacos y a los mecanismos de acción de las proteínas de transporte electrónico.
De la colaboración entre el Barcelona Supercomputing Center, el Centro de Regulación Genómica y el IRB Barcelona, con el apoyo de La Caixa, surge StarLife. Una infraestructura computacional destinada a grandes proyectos biomédicos que requieren una arquitectura diseñada específicamente para la manipulación y aprovechamiento de grandes volúmenes de datos biomédicos.
El BSC–CSN colabora con el Hospital de la Santa Creu i Sant Pau de Barcelona y el Centro de Visión por Computador de la Universidad Autónoma de Barcelona en el desarrollo de un simulador cardiaco destinado al ensayo de cirugías cardiacas antes de practicarlas en pacientes. También colabora con el Hospital Clínic de Barcelona, con el que están trabajando en los recursos que ofrece el procesamiento de lenguaje natural.
Bioinformática
La bioinformática puede definirse como la aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de datos biológicos. Se emplea para la investigación, el desarrollo y la aplicación de herramientas computacionales para la expansión del uso de datos biológicos, incluyendo aquellas herramientas que sirvan para adquirir, almacenar, organizar, analizar o visualizar tales datos.
En palabras del Alfonso Valencia, actual director del Departamento de Ciencias de la Vida del BSC–CNS, «hay campos de conocimiento que serán fundamentales en el futuro de la medicina y que requieren de gran capacidad de computación para analizar datos. Un claro ejemplo es la capacidad de analizar informes médicos a través del procesamiento de lenguaje natural. Es una cuestión muy compleja, como también lo es la capacidad de lectura de imágenes médicas a través de la computación».
Uno de los avances de la biomedicina, unido a la bioinformática, es la creación de «gemelos digitales» que se crearían al nacer la persona y que se pueden usar para diseñar tratamientos personalizados para cuando enferme o analizar el impacto de las elecciones de estilo de vida en su salud, así, usando el genoma de esa persona será posible predecir los efectos de los medicamentos, la posibilidad de padecer ciertas enfermedades y aportar información sobre las mejores opciones de tratamiento en enfermedades como el cáncer, el Alzheimer o la epilepsia.
Conclusiones
El Barcelona Supercomputing Center alberga el Archivo Europeo de Genomas y Fenomas (EGA) que es el repositorio de datos genómicos de referencia en Europa, compuesto por los datos genómicos de 100.000 personas sanas y de personas que presentan fenotipos de enfermedades de todo tipo que han autorizado el uso de sus datos en el marco de investigaciones científicas. Estos datos se ponen a disposición de la comunidad científica mundial.
En el ámbito sanitario se manejan infinidad de datos que, en cantidad y complejidad, son equivalentes a las que generan otras áreas del conocimiento como la astronomía y la meteorología. Dichos datos son tremendamente útiles, pero están muy dispersos. Solo armonizando las distintas bases de datos se puede lograr un sistema eficiente, pero, eso sí, teniendo como prioridad la protección de los datos personales que se traten, por ejemplo, mediante técnicas de seudonimización.
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Fuentes
https://www.diariomedico.com/medicina/profesion/mare-nostrum-el-supercomputador-cientifico.html
